FAT32 是Windows 95 OSR2版推出兼容16位和32位文件系统。

NTFS 也就是Windows NT的文件系统。

FAT32 的最大的特点在与它使用较小的簇(每簇仅为4KB)来分配文件，这样可以大大提高磁盘空间的利用率，当个磁盘的容量可达到2048G，为需要海量内存的用户提供了方便。它所支持的文件名能很好的运行于DOS、Windows 95-2000的各种版本，但系统开销要大于FAT16。然而这种文件系统的安全性是比较差的。它可兼容FAT16的文件系统，但是却无法访问NTFS分区。

FAT32 在电脑上建立的文件只能以“纯文本”格式存盘，才可以在FAT16的电脑中打开，在Windows 95 OSR2、Windows 98中提供了FAT16向FAT32之间的单向转换功能。这种32位的文件分配表大大增强了其对磁盘管理的能力，突破了FAT16每一个分区只有2G容量的限制，用户运行FAT32分区格式后，可以将一个硬盘定义成一个分区，从而提高磁盘管理的工作。FAT32最大的优点在于一个不超过8G的分区中，用FAT32分区格式的每个簇容量都固定为4kb，与FAT16相比，可以大大地减少硬盘空间的浪费，提高了硬盘利用效率。

NTFS 的最大优点就是它的安全性和稳定性都比较好，会在NTFS磁盘目录与文件提供安全设置，指定访问的权限，使其难以受到病毒的侵袭。NTFS能够自动的记录文件的操作变动，具有相应的文件修复相应的能力，在系统出现错误的时候可以迅速修复，所以系统不易崩溃。它的主要缺点在于闭关自守，许多文件系统都无法访问它的分区，所以也导致了他的兼容性较差。

NTFS 分区格式是网络操作系统windows nt的硬盘分区格式，所以对一般电脑用户感到陌生，使用windows nt操作系统的用户必须与这种分区格式打交道，其优点在于安全性和稳定性都比较好，在使用的过程中不易产生文件碎片，对硬盘的利用和软件的运行速度都有相应的好处。它能使用户只能按照自己的权限对电脑进行操作并记录用户的操作记录，对用户权限的限制非常严格，能充分保护网络系统与数据的安全。